1957年3月1日，中国农业科学院成立大会召开，邓子恢副总理到会作指示。

　　1957年4月24日，中央批准任命丁颖为中国农业科学院院长。

　　1957年7月，李富春副总理指示，要在全国有组织有系统地进行化肥实验示范研究工作，由中国农业科学院负责组织全国化肥实验网。

　　1957年8月，丁颖教授在《农业学报》发表了《中国栽培稻种的起源及其演变》论著，论证了我国栽培稻起源于华南。

　　1958年，中国农业科学院哈尔滨兽医研究所在世界上首创用家兔培育成功牛肺疫弱毒菌种。

　　1958年3月19日，中国农业科学院在北京召开第一次全国农业科学研究所、站长及其直属研究所、室领导参加的会议。

　　1958年8月20日，农业部同意中国农业科学院将所属6个大区农业科学研究所的行政业务关系，除西南农业科学研究所下放云南省，全部下放到所在省领导，作为地方建制。

　　1958年9月22日，国务院科学规划委员会原则同意中国农业科学院新建大豆、油菜等22专业研究所和蔬菜研究室。

　　1959年5月18日，国家主席刘少奇视察中国农业科学院。

　　1959年6月6日，中国农业科学院辽宁分院成立。

　　1960年2月9日，中国农业科学院主持编制1960～1967年全国农业科学技术发展纲要。

　　1960年4月21日，朱德委员长视察中国农业科学院养蜂研究所。

　　1960年5月18日，董必武副主席视察中国农业科学院沼气所。

　　1960年7月1日，中国农业科学院完成精简机构任务，京内原有研究单位精简为11个，京外精简为14个。

　　1961年1月10日，中央通知，同意程照轩同志为农业部副部长兼中国农业科学院党组书记、副院长。

　　1961年9月，中国农业科学院院长、水稻专家丁颖教授主编的《中国水稻栽培学》由农业出版社出版。

　　1961年12月，朱德委员长视察中国农业科学院茶叶研究所。

　　1962年9月29日，周恩来总理在接见参加国家科学技术委员会农业组扩大会议的科学家时指出：“在精简中把农业科学研究机构精简过头了”“这些机构当然要恢复起来”，“科学研究方面的设备、仪器、人才和场地都要解决，可做为紧急措施来处理”。

　　1963年2月8日，中共中央、国务院在北京召开全国农业科学技术工作会议，讨论和审议农业科学技术各有关专业1963～1972年的规划，座谈对20年至25年农业技术改造规划设想。在国家科学技术委员会的主持下，中国农业科学院承担了具体会务工作。

　　1963年9月5日，中央批准张维城同志任农业部党组成员，中国农业科学院副院长、分党组书记；免去程照轩同志兼任分党组书记和副院长职务。

　　1964年，土壤肥料研究所“冬干鸭屎泥水稻‘坐秋’及低产田改良的研究”、“豫北地区盐渍土棉麦保苗技术措施的研究”获国家技术发明一等奖。

　　1964年8月，朱德委员长亲笔为中国农业科学院和中国茶叶学会创办的《茶叶科学》书写刊名。

　　1964年9月，谭震林副总理指示，由中国农业科学院、农业部、中央气象局组成调查组对北方各省干热风进行调查。

　　1965年6月5日，谭震林副总理、江一真副部长等领导到中国农业科学院作物育种栽培研究所南圃场视察小麦品种试验。

　　1965年7月19日，国务院任命金善宝为中国农业科学院院长。

　　1968年9月9日，中国农业科学院金善宝院长主持研究育成春小麦杂交品种“京红1号”和“京红4号”。

　　1968年12月，中国农业科学院作物育种栽培研究所育成白单4号玉米杂交种。

　　1970年5月14日，国务院副总理纪登奎在同中国农业科学院、林业科学院的工军宣传队、革委会负责人的讲话中指出：“科研工作是依靠农科院7500人，还是依靠七亿五千万人口？是依靠研究所还是依靠农民的创造，农业研究要彻底走群众路线，不是靠48个研究所（指农林水产方面），要靠广大群众搞。”此番话使农、林两院遭灭顶之灾，成为“文化大革命”中重灾户。

　　1970年8月23日，国务院副总理纪登奎对“关于农科院、林科院体制改革的报告”批示，“同意报告第三次下放的方案，作为第一步。留下的新机构620人，待再审查一次另批。”

　　1970年国务院决定撤销中国农业科学院的建制，与中国林业科学研究院合并，成立中国农林科学院。本年度，原农林口各部门所属科研单位68个，职工13963人，下放后合并成立中国农林科学院，暂编620人（其中干部603人，工人17人），组成35个科技服务组，分别到全国有关基层生产单位蹲点。

　　1971年1月7日，《中国农业科学院下放工作简报》中指出，全院原有35个单位，职工27345人，根据农林两院体制改革方案，约需留下434人，占全院职工数的5.95%，应下放6911人。截至1970年底估计已下放京内外单位28个，职工25899人，占应下放人数的85.3%。
　
　　1971年12月9日，中国农林科学院党的核心小组成立，苏格曼为组长。

　　1972年10月，根据李先念副总理指示，由中国农林科学院主持的有对外贸易部、商业部代表参加的优质苹果鉴评会在北京召开，评出我国西北的苹果品质赶上和超过美国华盛顿州的优质蛇果。

　　1972年10月11日，农业部在关于中国农林科学院调整体制编制的报告中指出，该院是“全国农林牧渔综合性的科研机构”，除院部外，设情报研究所、农业研究所、农业物理研究所、林业研究所、畜牧（养猪）研究所。编制1000人，其中干部800人，工人200人。下放所调整领导管理和任务，以院为主双重领导的8个研究所，带全国任务的23个研究所，属地方承担部分国家任务的4个研究所。现属部直接领导的生物研究所、生物药品监察所……，拟不再办理下放手续，并划归农林科学院领导。

　　1974年3月2日，《中国农业科学》复刊。

　　1974年9月1日，美籍华人科学家牛满江在北京饭店与中国农林科学院粮食作物研究所人员座谈。

　　1975年10月21～31日，中国农林科学院和湖南省农业科学院主持，在长沙召开第四次全国杂交水稻科研协作会。代表考察湖南、江西、广东、广西等4省区4200余亩的双季晚稻的现场，并鉴定1400亩旱季稻的生产表现，一致同意宣布杂交水稻研究成功。

　　1976年，下放到甘肃省的中国农业科学院兰州兽医研究所研制成功牛泰勒焦虫病裂殖体胶冻细胞菌苗。

　　1976年，下放到黑龙江省的中国农业科学院哈尔滨兽医研究所等7个单位协作研究成功猪瘟、猪丹毒、猪肺疫三联弱毒冻干苗。

　　1976年10月5日，金善宝同志给邓小平同志写信，建议用良种的方式向第三世界国家和人民提供援助。

　　1977年9月27日，农业部上报国务院《关于加强农林科教工作和调整农林科学、教育体制的报告》提出，中国农林科学院拟收回下放北京市的作物育种栽培研究所、蔬菜研究所和农业气象室，原下放地方的31个专业研究所调整为以部为主和地方双重领导，完全下放给地方的有9个单位。此报告后经党中央批示同意。

　　1977年10月28日，中国农林科学院党的核心小组改名为中国农林科学院党组。

　　1978年2月15日，经党中央、国务院批准，对1970年由农林部下放各有关省、市、自治区的43个单位作如下调整：实行以部为主，部与地方双重领导的23个单位，包括原中国农业科学院的植物保护、土壤肥料、农田灌溉、农药（植保研究所的一个室）、棉花、油料作物、养蜂、畜牧、草原、哈尔滨兽医、兰州兽医等研究所和仪器厂；实行以地方为主、部与地方双重领导的8个单位，包括原中国农业科学院的烟草、麻类、甜菜、蚕桑、茶叶、柑橘等研究所和农业遗产研究室。

　　1978年3月13日，邓小平副主席等中央领导批示，同意恢复中国农业科学院和中国林业科学研究院建制。

　　1978年3月18日，中国农业科学院有51项科技成果获得全国科学大会奖。

　　1978年6月17日，何康副部长代表农林部党组宣布中国农业科学院成立党组，徐元泉为党组书记。

　　1978年7月17日，国务院批复同意金善宝任中国农业科学院院长。

　　1978年11月27日～12月20日，中国农业科学院召开工作会议。这是中国农业科学院恢复建制后召开的第一次工作会议。会议讨论制定中国农业科学院1978～1985年科学技术发展规划。会议结束时陈永贵副总理到会讲话。

　　1978年12月6日，方毅等中央领导批示，同意柑橘所、茶叶、蚕业、郑州果树分所、遗产室和甘肃畜牧三室的领导体制由以地方为主双重领导改为以部为主双重领导。郑州果树研究所分所改为中国农业科学院郑州果树研究所，兰州畜牧研究室改为中国农业科学院兰州畜牧研究所。

　　1978年12月12日，农业部杨立功部长在中国农业科学院工作会议上讲话转告：12月10日下午15时，纪登奎、陈永贵副总理把我们找去，纪登奎说：“1970年我的讲话是错误的，没有‘禁区’，你们可以批评，搞错了就改正。”

　　1978年12月15日，何康副部长传达中共中央、国务院批准中国农业科学院迁出下放的研究所搬回北京，对下放以地方为主双重领导的研究所，恢复以部为主的领导体制。

　　1979年6月2日，中国农业科学院党组书记徐元泉被国务院任命为农业部副部长。7月20日经中央同意，徐元泉兼任中国农业科学院党组书记。

　　1979年9月28日，中国共产党第十一届四中全会通过《中共中央关于加快农业发展若干问题的决定》，要求迅速恢复和加强农业科研机构和高等院校的研究和教学条件。中央要求办好中国农业科学院和北京农业大学等几个主要高级农业科学院和院校。

　　1980年2月16日，华国锋主席到中国农业科学院视察，同部分科学家座谈关于加速发展我国农业现代化建设问题。

　　1980年3月5～9日，中国农业科学院在北京召开全国农业科学院院长会议，传达了华国锋主席在中国农业科学院的讲话，讨论我国农业现代化等一系列重要问题。

　　1980年11月，中国农业科学院提出“关于加速我国农业现代化建设的设想”、“我国牧业现代化建设的设想”和“我国农业科学发展的设想”。

　　1981年，中国农科院作为第一完成人单位的全国杂交水稻科研协作组研究的“籼型杂交水稻”获国家技术发明特等奖。

　　1981年6月16日，国家外国投资管理委员会同意接受美国洛克菲勒基金会资助，在中国农业科学院建设植物遗传资源中心（国家种质库）。

　　1982年，植物保护研究所“黏虫越冬迁飞规律的研究”获国家自然科学四等奖。

　　1982年，中国农业科学院“中国小麦的种类及其分布”获国家自然科学三等奖。

　　1982年2月20日，中国农业科学院主持的中国第二次大规模农作物品种资源的征集工作基本结束。3年新获得约9万份农作物品种资源，连同20世纪50年代第一次征集保留下来的16万份，共拥有25万份，成为世界上拥有农作物种质资源最多的国家之一。

　　1982年4月4日，国家农业委员会、国家科学技术委员会召开农业推广奖励大会，中国农业科学院的“小麦叶龄指标促控法”示范推广研究榜上有名。

　　1982年6月21日，中共中央同意中国农业科学院下列4名同志的职务任免：金善宝同志任名誉院长，免去院长职务，卢良恕同志任院长，杨岩同志任党组书记，免去徐元泉同志的党组书记职务。

　　1983年4月24日，赵紫阳总理视察中国农业科学院茶叶所，随同有外交部长吴学谦等。

　　1983年5月，著名小麦育种学家金善宝主编的《中国小麦品种及其系谱》一书，由农业出版社出版。

　　1983年9月10日，中共中央通知，同意卢良恕同志任农牧渔业部党组成员（兼任中国农业科学院院长），享受副部级待遇。

　　1983年12月20日，在国家科委发明评选委员会第十四次会议上，中国农业科学院的马传染性贫血病弱毒疫苗科研成果荣获国家发明一等奖。

　　1984年6月，由中国农业科学院作物育种栽培研究所育成的多抗性丰产玉米杂交种“中单2号”获得国农发明一等奖。

　　1984年8月18日，国家作物遗传资源贮藏中心（即国家种质库）奠基典礼在北京举行。

　　1984年9月29日，中国农业科学院提出“亟待开发我国奶牛胚胎移植技术”建议，受到胡耀邦总书记的重视，他批示：“这是一个好消息。加强加紧推广和提高技术，办法是对作出贡献的同志实行重奖。但进口高产种牛和奶牛也要抓紧。两条腿走路，总能更快些。”

　　1984年12月17日，中国农业科学院第二届学术委员会会议在北京科学会堂召开，中共中央军委副主席聂荣臻致贺信，国务委员方毅到会讲话。会后，全体委员提出“关于加快农业科研改革步伐的建议”，选出名誉主任委员金善宝、何康，主任委员卢良恕。

　　1985年，棉花研究所“全国棉花品种区域试验及其结果应用”获国家科学技术进步一等奖。

　　1985年，蔬菜研究所“甘蓝自交不亲和系的选育及其配制的七个系列新品种”获国家技术发明一等奖。

　　1985年，植物保护研究所“棉花抗枯萎病、高产新品种86－1号”获国家技术发明二等奖。

　　1985年2月7日，文化部同意中国农业科学院成立中国农业科技出版社。

　　1985年8月19日，草原研究所实行以中国农业科学院为主，农牧渔业部和自治区双重领导体制，同时挂“内蒙古自治区草原研究所”的牌子。

　　1986年，国家质量监督检验检疫总局和国家农业部依法授权，依托我院饲料研究所成立国家饲料质量监督检验中心（北京）。

　　1986年2月，金善宝主编的《中国小麦品种志》（1962—1982），由农业出版社出版。

　　1986年4月25日，国家农牧渔业部批准，依托我院哈尔滨兽医所组建兽医生物技术国家重点实验室。

　　1986年6月7日，中国农业科学院主持的《我国粮食和经济作物发展的研究》获得国务院农村发展中心理事会优秀成果一等奖。

　　1986年6月16日，农牧渔业部批准中国农业科学院成立生物技术研究中心。

　　1986年8月，中国农业科学院主编的《中国稻作学》由农业出版社出版。

　　1987年，植物保护研究所“中国小麦条锈病流行体系”获国家自然科学二等奖。

　　1987年6月20日，李鹏副总理到中国农业科学院特产研究所视察。

　　1987年9月2日，国务委员、财政部部长王丙乾同志到中国农业科学院特产研究所视察。

　　1987年12月21日，王连铮同志任中国农业科学院院长、党组书记。

　　1988年，蚕业研究所“Sm－1在诱导三眠蚕生产超细纤度蚕丝的应用”获国家技术发明二等奖。

　　1988年，甜菜研究所“抗病偏高糖型甜菜多倍体品种甜研301”获国家技术发明二等奖。

　　1988年1月22日，经国家科学技术委员会批准，中国农业科学院烟草研究所实行由中国农业科学院和中国烟草总公司双重领导。

　　1988年7月23日，国务委员、国家科学技术委员会主任宋健视察中国农业科学院果树研究所。

　　1988年7月27日，中国农业科学院一批长期坚持参加黄淮海平原综合治理农业开发并做出优异成绩的28名科技人员受到国务院的表彰、奖励。获得一级奖励的贾大林、张雄伟、何荣汾、李炳坦4位同志在北戴河受到李鹏等党和国家领导人的亲切接见。

　　1989年8月31日，沈桂芳同志任中国农业科学院党组书记。

　　1989年9月28日，中国农业科学院作物育种栽培研究所著名玉米育种专家李竞雄教授被评为全国先进工作者，在北京举行的全国劳动模范、先进工作者表彰大会上，接受了党和国家领导人颁发的奖章和证书。

　　1989年10月9～11日，中国水稻研究所落成典礼暨国际稻作科学讨论会在杭州富阳举行。

　　1990年，棉花研究所“抗病高产优质棉花新品种中棉12”获国家技术发明一等奖。

　　1990年6月1日，农业部批准，中国农业科学院审计室升格为审计局。

　　1990年6月15日，国务院总理李鹏视察中国农业科学院灌溉所。

　　1991年，哈尔滨兽医研究所“布鲁氏菌羊种五号菌苗”获国家技术发明二等奖。

　　1991年8月8日，国务院副总理邹家华、国务委员陈俊生视察中国农业科学院，了解有关降解地膜的试验情况。

　　1991年10月7～9日，中共中央总书记江泽民在中南海与18位农业科学家座谈，共商依靠科学技术振兴我国农业大计，中国农业科学院沈桂芳、卢良恕、李竞雄、徐冠仁、李树德、贾士荣等六位同志出席座谈会并发言。

　　1991年11月，国家科技部批准，依托我院建立国家昌平综合农业工程技术研究中心。

　　1992年1月，国家计委批复，依托我院植物保护研究所组建植物病虫害生物学国家重点实验室。

　　1992年1月11日，中共中央政治局常委宋平同志，在农业部刘中一部长、中共中央政策研究室回良玉副主任的陪同下，到中国农业科学院视察并看望科学家。

　　1992年8月24日，国务委员李铁映视察中国农业科学院特产研究所。

　　1993年，蔬菜花卉研究所“抗病丰产优质番茄新品种—中蔬5号和中蔬6号”获国家技术发明二等奖。

　　1993年，水稻研究所“高产、优质、多抗杂交水稻新组合汕优10号”获国家科学技术进步一等奖。

　　1993年，作物品种资源研究所“粳型稻种的起源及耐旱性与耐冷性”获国家自然科学四等奖。

　　1993年1月19日，中共中央政治局常委胡锦涛，政治局候补委员、书记处书记温家宝，国务院委员宋健、陈俊生等党和国家领导人，在农业部部长刘中一陪同下，到中国农业科学院尉问科技人员。

　　1994年7月2日，中国科学院、中国科学技术协会、九三学社、中国农业科学院联合举办金善宝教授百岁华诞茶话会。中共中央总书记江泽民、全国政治协商会议主席李瑞环送来花篮，国务院总理李鹏题词表示祝贺，李鹏的题词是：为农业科技教育事业呕心沥血，功勋卓著堪称学习楷模。

　　1994年11月12日，国务院决定，任命吕飞杰同志为中国农业科学院院长。

　　1995年，棉花研究所“适合麦棉两熟夏套棉花新品种－中棉所16号”获国家科学技术进步一等奖。

　　1995年，中国水稻研究所“稻飞虱鸣声信息行为及其机制研究”获国家自然科学四等奖。

　　1995年，作物育种栽培研究所“中国小麦光温特性的研究”获国家自然科学三等奖；“综合应用生物技术创造抗黄矮病普通小麦新种质”获国家技术发明二等奖。

　　1995年1月4日，中共中央政治局委员、书记处书记姜春云视察中国农业科学院。

　　1995年6月4日，中共中央政治局常委、全国人民代表大会常务委员会委员长乔石，视察中国水稻研究所富阳实验基地。

　　1995年10月28日，国务委员陈俊生视察中国农业科学院水牛所。

　　1995年11月21日，经农业部批准，中国农业科学院机关调整后机构设置为八个职能部门，分别是：院办公室、科技管理局、人事局、国际合作与产业发展局、计划财务局、监察局、审计局、直属机关党委。

　　1996年2月18日，国务委员、国家科学技术委员会主任宋健等同志，代表国务院、国家科学技术委员会向金善宝名誉院长拜年。

　　1997年3月27日，中共中央政治局候补委员、书记处书记温家宝视察中国农业科学院农业气象研究所主持的山西寿阳旱地农业试验区。

　　1997年6月26日，我国著名农业科学家、教育家、九三学社名誉主席、原中国科学技术协会副主席、中国农业科学院名誉院长、中国科学院院士金善宝同志逝世，享年102岁。

　　1997年9月10日，农业部根据中央机构编制委员会办公室《关于中国农业科学院中兽医研究所与兰州为畜牧研究所合并成立中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所的批复》精神，同意中国农业科学院中兽医研究所与兰州畜牧研究所合并成立中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所。

　　1997年10月8日，中国农业科学院举行建院40周年庆祝活动。国务院副总理姜春云、国务委员兼国家科委主任宋健、全国政协副主席兼中国工程院院长朱光亚、农业部部长刘江、国家科委副主任韩德乾及国家计委、人事部、财政部、中国科协、中国科学院等单位的领导与中国农业科学院新老科技作者700多人参加了庆祝活动。国家领导人江泽民、李鹏、李岚清、姜春云、温家宝等为中国农业科学院题词祝贺。

　　1997年10月21日，蔬菜花卉所方智远院士主持完成的“甘蓝显性雄性不育的选育及利用”研究通过专家鉴定。

　　1997年11月，作物所运用“冬小麦育种专家系统”选育出CA9554、CA9555、CA9660等品系，这是国内外至今为止应用专家系统研究出的第一批小麦新品系。

　　1997年12月29日，中共中央总书记江泽民同志亲切接见中国农业科学院党组书记、院长吕飞杰同志。

　　1997年作物所“太谷核不育小麦”研究成果，被评为“1997年中国十大科技新闻”的第一条。

　　1998年，棉花研究所“高产优质多抗棉花新品种中棉19”获国家科学技术进步一等奖，作物育种栽培研究所“太谷核不育小麦的发现、鉴定与初步利用”获国家技术发明二等奖。

　　1998年4月13日，国家农业部批复，依托我院水稻研究所组建国家水稻改良中心，依托我院作物科学所组建国家小麦改良中心。

　　1998年8月，国家农业部批复，依托我院蔬菜花卉研究所组建国家蔬菜改良中心，依托我院棉花研究所组建国家棉花改良中心，依托我院甜菜研究所组建国家糖料改良中心。

　　1999年，国家经济委员会批准，依托我院农业资源与农业区划研究所于1987年组建的“国家土壤肥力与肥料效益监测站网”，被国家科技部列为国家级野外台站。

　　1999年5月24日，“国际农业研究磋商小组（CGIAR）1999年中期会议—中国日”在中国农业科学院举行。世界银行副行长兼国际农业研空磋商小组主席IsmailSerageldin先生，CGIAR理事会成员及下属16个中心负责人，CGIAR成员国代表等280多人，农业部和科技部的领导，中国科学院、中国农业科学院各省农科院及主要农业院校的领导、专家60余人参加了该项活动。

　　2000年，作物育种栽培研究所“我国抗稻白叶枯病粳稻近等基因系的培育及应用”获国家技术发明二等奖。

　　2000年6月，国家科技部批复，依托中国农业大学和我院饲料研究所共同组建国家饲料工程技术研究中心。

　　2000年11月21日，1960年农业部批准的依托我院土壤肥料研究所组建的“湖南祁阳农业生态系统国家野外科学观测研究站”，被国家科技部列为国家级野外台站。

　　2000年12月19日，国家农业部批复，依托我院作物科学研究所组建国家大豆改良北京分中心。

　　2001年1月11日，中共中央政治局常委、国务院总理朱镕基在农业部部长陈耀邦的陪同下，到中国农业科学院生物技术所考察“转基因抗虫棉”，并看望农业科技工作者。

　　2001年6月13日，中国农业科学院名誉研究员、国际著名水稻遗传育种家库西(G.S.Khush)博士荣获国务院授予的2000年“中国国际科学技术合作奖”。

　　2001年7月30日，国务院任命翟虎渠同志为中国农业科学院院长(副部级)。

　　2001年9月22日，中国农业科学院柑橘研究所、四川畜牧兽医学院和西南农业大学合并，新的西南农业大学成立大会暨挂牌仪式在重庆举行。

　　2001年11月16日，气象所、生防所正式合并组建“中国农业科学院农业环境与可持续发展研究所”。

　　2002年，生物技术研究所“棉花抗虫基因的研制”获国家技术发明二等奖。

　　2002年4月18日，全国人大常委会副委员长彭佩云率领30多名全国人大《食品卫生法》执法检查组成员来中国农业科学院考察，与农业部及中国农业科学院的有关专家就《食品卫生法》执行情况以及农产品质量安全问题进行了座谈。

　　2002年5月30日，中国农业科学院生物技术所郭三堆的“抗虫基因的研制及其应用于抗虫棉花选育”获国家技术发明二等奖。

　　2002年6月23～24日，中国农业科学院首批杰出人才评审会议在北京召开。7月30日，举行杰出人才聘任仪式，翟虎渠院长向首批国内外83名科学家发了聘书。

　　2002年9月，国家农业部批复，依托我院柑桔研究所组建“国家柑桔品种改良中心”。

　　2002年9月12日，中国农业科学院与河北廊坊市人民政府签订了国际农业高新技术产业园区建设合作意向。

　　2002年9月16日，由中国工程院、国家计委、中国农业科学院和国际水稻研究所共同主办的首届国际水稻大会在北京举行，国家主席江泽民出席开幕式并讲话。

　　2002年9月27日，农业部批复在我院麻类研究所组建国家麻类作物育种中心。

　　2002年10月8日，中国农业科学院研究生院在《2002中国研究生院评价》中，以农学第一名的身份跻身12所中国一流研究生院行列。

　　2002年12月6～8日，江苏徐州甘薯研究中心和江苏家禽科学研究所增挂“中国农业科学院甘薯研究所”、“中国农业科学院家禽研究所”牌子仪式先后在江苏徐州市和扬州市举行。

　　2002年12月28日，依托我院油料研究所建立的国家油料作物改良中心通过国家农业部验收。

　　2003年，国家科技部批准，由华中农业大学和我院油料作物研究所共同组建国家油菜工程技术研究中心，依托我院果树研究所组建国家苹果育种中心。

　　2003年，中国农业科学院“中国农作物种质资源收集保存评价与利用”获国家科学技术进步一等奖。

　　2003年1月1日，中国农业科学院作物育种栽培研究所与作物品种资源研究所合并，成立作物科学研究所。

　　2003年1月15～16日，全国农业科研协作研讨会在北京举行。中央政策研究室、国务院研究室、国务院发展中心、国家计委、财政部、科技部、农业部、国家外专局的有关领导，全国各省、自治区、直辖市农（林、牧）业科学院，部分农业高校和中国农业科学院的领导、院士、知名专家近300人出席了会议。

　　2003年2月13日，中国农业科学院翟虎渠院长增选为俄罗斯农业科学院外籍院士。

　　2003年4月10日，水稻所钱前博士在英国《自然》杂志上发表我国生命科学基础理论研究领域第一篇原始性论文。该项研究以在水稻育种中发现的分蘖极端突变体为材料，分离鉴定了水稻分蘖控制基因MOCl。对了解禾谷类作物分蘖调控的分子机理，并进而应用于水稻等禾谷类作物超级品种的培育，具有重大的理论与应用意义。

　　2003年5月1日，中国农业科学院品资所贾继增研究员荣获全国“五一”劳动奖章。

　　2003年5月13日，土壤肥料研究所与农业自然资源与区划研究所合并重组，暂名为中国农业科学院农业资源与农业区划研究所。　

　　2003年7月8日，中国农业科学院农业质量标准与检测研究所正式成立。

　　2003年7月15日，中国农业科学院召开了“矮败小麦创制与高效育种技术新体系建立”成果鉴定会。

　　2003年8月18日，国家农业部批复，依托我院茶叶研究所组建国家茶叶改良中心。

　　2003年8月25日，中国农业科学院甜菜研究所与黑龙江大学合并暨黑龙江大学农学院成立仪式在黑龙江大学举行。

　　2003年9月23日，中国农业科学院被中组部等部门授予“留学回国人员先进工作单位”光荣称号。同时，屈冬玉、张维理、童光志3位同志被评为先进个人，获得“留学回国人员成就奖”。

　　2003年9月28日，由中国农业科学院承建的“中国农作物基因资源与基因改良”国家重大科学工程项目，顺利通过了最后一道质量验收。

　　2003年10月1日，中共中央政治局常委、国家副主席曾庆红分别看望了著名科学家钱学森、中国工程院院士金怡濂和中国农业科学院副院长屈冬玉博士。

　　2003年12月，国家科技部批复，在我院水稻研究所建立水稻生物学国家重点实验室。

　　2004年2月4日，国务委员陈至立视察中国农业科学院。

　　2004年3月26日，中共中央政治局委员、国务院副总理回良玉视察中国农业科学院。

　　2004年5月11～15日，具有世界植保界奥林匹克之称，由国际植物保护科学协会主办、中国植物保护学会及其挂靠单位中国农业科学院植物保护研究所等承办的“第十五届国际植物保护大会”首次在北京举行。

　　2004年8月,经国家发改委、农业部批准,依托我院烟草研究所组建国家烟草改良中心。

　　2004年12月19日，中国农业科技东北创新中心在吉林省农业科学院揭牌。这是中国农业科学院与地方人民政府合作，以建设农业科技区域创新中心的形式整合优化国家和区域农业科技资源，提高农业科技创新能力，以科技支撑粮食安全与农民增收的第一步。中国农业科学院院长翟虎渠、吉林省人民政府代省长王珉出席了揭牌仪式。

　　2005年，我院哈尔滨兽医研究所“H5亚型禽流感灭活疫苗的研制及应用”和水稻研究所“印水型水稻不育胞质的发掘及利用”分获国家科学技术进步一等奖。

　　2005年，依托我院农田灌溉研究所组建的“河南商丘农田生态系统国家野外科学观测研究站”被国家科技部纳入36个国家野外科学观测研究站之一。

　　2005年3月，国家科技部批复，在我院畜牧研究所和中国农业大学共同建立动物营养学重点实验室。

　　2005年5月9日，中央政治局委员、国务院副总理回良玉视察中国农业科学院兰州兽医研究所。

　　2005年9月5日，由中国农业科学院和国际玉米小麦改良中心（CIMMYT）共同组织、作物科学研究所承办的“第九届亚洲玉米大会”在京举行。

　　2005年9月18～27日，中国农业科学院水稻研究所研究的“国稻二号”入选“国家‘十五’重大科技成就展”。

　　2005年10月13日，中央政治局常委、全国人大常委会委员长吴邦国视察中国农业科学院。

　　2005年10月25日，翟虎渠院长向温家宝总理、回良玉副总理以及农业部杜青林部长、科技部徐冠华部长等汇报了“十五”期间中国农业科学院取得的一系列重大科技成果，温家宝总理对此做出重要批示。

　　2005年11月，由我院农业资源和农业区划研究所1997年建立的“呼伦贝尔草原生态系统国家野外科学观测研究站”，被国家科技部遴选为国家级重点野外台站。

　　2005年12月12日，依托我院蚕业研究所建设的“国家蚕桑育种中心”通过了国家农业部项目专家组验收。

　　2006年1月5日，中共中央政治局委员、国务院副总理、全国防控高致病性禽流感指挥部总指挥回良玉视察中国农业科学院哈尔滨兽医研究所，并转达党中央、国务院和胡锦涛总书记、温家宝总理对科研人员和干部职工的亲切慰问。

　　2006年1月17日，中共中央总书记、国家主席胡锦涛陪同朝鲜劳动党总书记、国防委员会委员长金正日视察中国农业科学院。

　　2006年1月26日，中共中央政治局常委、国家副主席曽庆红登门看望了农业科学家——中国农业科学院原院长卢良恕院士，向他致以亲切的慰问。中共中央政治局委员、书记处书记、中组部部长贺国强，国务委员陈至立等也参加了慰问。

　　2006年5月，由中国工程院和农业部共同主办，中国农业科学院承办，加拿大国际开发署、世界银行、联合国粮农组织和国际畜牧研究所等联合支持的“国际畜牧发展大会”在北京召开。

　　2006年7月26日，国家科技部批准在我院兰州兽医研究所建立家畜疫病病原生物学国家重点实验室。

　　2006年11月15日，国家科技部批准，依托我院作物科学研究所组建全国农作物种质资源野外观测研究圃网。